Lo que hago yo es lo siguiente. No es complicado.
-Suelen dar problemas, luego lo primero que hago es pasarlo íntegramente a wav (con el winamp, por ejemplo)
-Después editas el fichero cue. Una de las primeras líneas contiene el nombre del fichero tal que así:
aquiponenosequé "discodechayanne.ape"WAV
- Ahí, entre las comillas, pones el nombre del fichero wav, y si no pone WAV al final (que pone otro formato), lo cambias también.
-Emulas el cue con las daemon tool, el alcohol, cosas así y finalmente lo ripeas con tu programa habitual. Como es digital del todo, no pierde calidad.