Otegi nació el 6 de julio de 1958 en la localidad de Elgóibar (Guipúzcoa, País Vasco, España) y es Licenciado en Filosofía y Letras. Está casado y tiene dos hijos.
En 1977 huyó a Francia tras involucrársele en un comando etarra de su ciudad natal responsable de explosión de una gasolinera, robo de vehículos a mano armada, asalto al gobierno militar de San Sebastián, varios robos y la liberación de un miembro de ETA internado en un hospital.
El 3 de julio de 1979, participa en el intento de secuestro del diputado por Soria Gabriel Cisneros, mientras éste caminaba por la calle Lope de Rueda de Madrid. Este intento de secuestro, junto con los etarras José María Ostolaza Pagoaga y Luis Alcorta Maguregui le provocó un impacto de bala a Gabriel Cisneros, que salvó la vida al ser trasladado por los transeuntes al hospital Francisco Franco.
En enero de 1989 fue absuelto de los cargos por secuestro del ex diputado Javier Rupérez. Sin embargo, el 21 de febrero del mismo año fue encontrado culpable del secuestro del empresario Luis Abaitúa y condenado a seis años de cárcel. En octubre de 1990 es puesto en libertad tras haber cumplido la mitad de su condena.