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En un principio el ordenador ararancará con el S.O del HD que esté "primero" en la bios. EL otro hd aunque tenga el 98 será como un HD complementario en el que veas todos los datos que tenga.
Si les tienes los dos en el mismo ID pues lo mismo: Arranca el S:O del que esté en master.
Y para arrancar con diferente S.O(en discos distintos) pues me imagino que con un gestor de arranque.
Un beso.