Con el Tratado de Fontainebleau de 27 de octubre de 1807, el ejército francés tenía el derecho de tránsito hacia Portugal; en El Escorial se había producido la detención de Fernando VII por un intento de golpe. Napoleón utilizando esto como excusa, introdujo sus tropas en España, teniendo como objetivo final la ocupación militar de la Península; tomó los enclaves militares más importantes: Pamplona, Utrera, Burgos,... produciendo con ello la alarma en el gobierno, aunque este no tuvo capacidad de respuesta. El 19 de marzo de 1808 se produce el motín de Aranjuez, declarando rey a Fernando VII. Ese mismo mes, Fernando entra en Madrid, con Murat como jefe militar francés.
La ocupación provocará descontentos entre la población, cuyo punto álgido es el estallido de mayo de 1808. Fernando VII necesita el respaldo de Napoleón a su corona, y los partidarios de su padre pretenden lo mismo. El emperador actuará como arbitro, reuniendo en Bayona a la familia real. Ante el vacío de poder en la Península, las instituciones no son capaces de articular la vida pública, explicando con ello que la reacción sea una guerra revolucionaria ya que se hace al margen de las instituciones, siendo un esfuerzo "de abajo hacia arriba", que da un carácter de guerra política, trastocando la estructura interna del país.
En el plano militar, la revuelta de Madrid trajo consigo una fuerte represión francesa, que provocará el levantamiento general de la Península. El 25 de mayo se crea la Junta de Asturias, que será la suma de las autoridades antiguas y de las nuevas. El 2 de junio la rebelión es completa, surgiendo Juntas de carácter local o provincial que pretenden canalizar la resistencia contra los franceses.
La Guerra de la Independencia es una guerra de carácter nacional, o sea, será la nación española en su globalidad la que luche contra las fuerzas francesas invasoras. Estas fuerzas se pueden dividir en tres grupos: el ejército, que actúa en campo abierto, según las costumbres militares de la época, débil y desorganizado; la denominada guerrilla o movimiento revolucionario, mediante el que el pueblo español atacó de manera sorpresiva a los destacamentos franceses, aunque llegará a tener una organización compleja y muy similar a la del ejército regular; y la ciudad, que participará en la guerra a través del sitio.
Desde la segunda fase de la guerra, el esquema militar se quiebra, transformándose en buena medida en una guerra popular, que facilitó la aparición de la guerrilla en diciembre de 1808.
La guerrilla tuvo una actuación desconcertante para el ejército francés, aunque su papel se limitó al auxilio de las fuerzas regulares y nunca plantear batalla en campo abierto a las tropas francesas. Sus jefes se extrajeron de una variada escala social, desde clérigos a campesinos. Las derrotas que sufrió el ejército español entre 1808 y 1809 facilitó la proliferación de estas partidas, que serán tratadas con excesiva dureza por parte de los franceses, al no considerar al guerrillero como combatiente. Para luchar contra esta represión, tanto las Cortes de Cádiz como las Juntas anteriores trataron de dar un carácter legal a este movimiento popular, publicando el primer Reglamento de Cuadrillas el 28 de diciembre de 1808, y en Cataluña un Reglamento de Somatenes. El 19 de abril de 1809 se publicará la Instrucción para el Corso Terrestre, que tendrá un carácter nacional. La última disposición que aparecerá sobre las guerrillas será el Reglamento para las partidas de guerrilla en 1812. Los franceses en ningún momento reconocerán estas disposiciones, pretendiendo desprestigiar a los guerrilleros, tratándolos como delincuentes comunes; creando, a iniciativa del afrancesado Francisco de Amorós, una especie de gendarmería nacional contra la guerrilla.
El éxito obtenido por la guerrilla se basó en un perfecto conocimiento del terreno, en el apoyo activo de la población, y en la facilidad de dispersión en los casos de retirada, que permitía su perfecto camuflaje. Entre los numerosos jefes guerrilleros, podemos destacar a El Empecinado, el cura merino, Mina, Porlier, etc.
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