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Al darle a nueva imagen, donde puedes elegir el formato, tamaño y tal creo ke habia una opcion para poner el fondo transparente, ke se ve en el photoshop como una cuadricula blanca/gris me parece.
NO se exactamente lo k kieres, mas bien tengo una intuicion. Bueno, en la capa de la imagen sale un candadito pequeño. Bueno pues si, cliquealo. ahora cada vez que borres con la goma o una selección verás el fondo transparente.
tambien tienes el png y el png24, pero si es para poner en el navegador usa gif, el explorer muchas veces peta con los peneges
una vez hayas terminado, sin tener capa de fondo dale a Guardar para web y elige algunos de esos formatos