Acabada la guerra se retira con su família a las posesiones de Sort, donde se mantiene alejado de la política. Al cabo de poco tiempo es reclamado por el capitán general en
Barcelona, donde se le requisa toda la documentación y se le pone bajo vigilancia. Temiendo ser arrestado intenta embarcarse clandestinamente hacia
Menorca, recientemente convertida en posesión británica tras la firma del
Tratado de Utrecht. Sin embargo, poco después de zarpar del puerto de
Barcelona es reconocido por el capitán del barco, el cual asustado lo retorna a la costa. Se esconde en la montaña de
Montjuic, a la espera de un segundo barco, pero es delatado y, junto con sus compañeros, es hecho prisionero el 22 de marzo de
1715.
Josep Moragues fue juzgado, torturado[SUP][
cita requerida][/SUP] y ejecutado el 27 de mayo de
1715. Se le retiran públicamente todos los honores militares, se le descalza y se le viste con una camisa de penitente y es arrastrado por un caballo a través de las calles de
Barcelona hasta llegar al patíbulo donde es degollado, decapitado y descuartizado. Su cabeza, como escarnio, fue expuesta en una jaula de hierro que se colgó en la Puerta del Mar de la muralla de
Barcelona, con una inscripción que decía:
Josep Moragues, por haber cometido el crimen de una rebelión contumaz, haber abusado dos veces de la clemencia real, finalmente, la tercera vez, fue preso y ejecutado por la justicia