La manera que yo he aplicado para aprender un poco es centrarme por un lado en el tema de la física del sonido, para empezar comprendiendo por qué una nota nos suena diferente a otra, y un instrumento nos suena diferente a otro; tonos, semitonos, frecuencia en herzios, octavas, cents, frecuencia fundamental, armónicos, etc. Hay ciertos efectos de la percepción musical que en parte están culturalmente determinados pero en parte también se derivan de propiedades físico-matemáticas del sonido. Por tanto hay que empezar por tener unas nociones de esto (y también de física de los instrumentos, el cómo se genera el sonido), pero despojadas en la medida de lo posible de los aspectos históricos.
Luego, una vez que se tienen unas nociones de lo anterior, puedes volver a empezar abordándolo de forma histórica, empezando por ejemplo por el canto gregoriano (lo que se llama plainchant), que en origen era la forma de música más básica posible, y siguiendo su evolución. El momento clave para la música occidental tal y como nosotros la hemos recibido es el paso del renacimiento al barroco, porque es en ese momento cuando se empieza a componer de forma vertical, usando acordes bien estudiados y creando progresiones de estos, y esa práctica, y las reacciones contra ella, determinan toda la evolución de la música académica occidental y también de la música popular europea, cuyas normas de composición actuales no se alejan de lo comenzado en el barroco. Lo más importante en este enfoque histórico es comprender los conceptos más básicos de la composición; si os ponéis a estudiar partituras, empezad con sonatas para piano solo, dos manos, dos voces, acordes, melodías, ahí está lo más básico. Conceptos básicos: escalas, acordes, polifonía, homofonía, monofonía; conceptos básicos de harmonía: análisis numeral romano, círculo de quintas, etc.
Al mismo tiempo de todo esto es bueno leer sobre los significados de los símbolos de las partituras (y sobre su evolución histórica). En cada uno de esos significados, en una partitura moderna, están los conceptos fundamentales y físicos de la música (altura, duración, intensidad, timbre).
Luego está la música no occidental, que se puede empezar a abordar antes o después de la occidental, pero que obviamente está basada en los mismos fenómenos físicos y no tiene por qué estudiarse de manera diferente.
Otro enfoque que tengo en mente puede ser, directamente, recurrir a lo que sea que los estudiantes de teoría musical de los conservatorios usen a partir de su primer año; pero no he dedicado tiempo a estudiar la viabilidad de dicho enfoque.
Un recurso que me he encontrado hace poco:
Learn everything you need to know about music theory to make your workflow better. From scales and chords to music notation here are the essential basics.
blog.landr.com
Edito: añado unas interesantes clases de Leonard Bernstein que abordan aspectos importantes del sonido y su percepción. No son sobre teoría musical propiamente dicha pero molan muchísimo.