Bueno, almenos ya sabemos como es que Richard Alpert sigue exactamente igual año tras año. Esa piscina es algo así como la fuente de la eterna juventud, cura las heridas, sana a los enfermos y, por lo que hemos visto, su efecto se nota en toda la isla a menor escala.
Al morir Jacob se ensucia el agua y el chinorris comprueba que su herida no se cura al instante, que el efecto ha ido a menos.
También sabemos que el coleguita de Jacob es y era el humo negro, que quiere salir de la isla donde está "encarcelado" y que Jacob era el único que le impedía hacerlo. De alguna forma en el templo se encuentra su vía de escape y ha ido manipulando a Locke y Ben desde el principio para asesinar a Jacob.