El título será Matrix Revealed, y parece ser que aclarará todos los interrogantes que quedaron pendientes en los filmes precedentes. Según un borrador del guión difundido a través de internet, la historia comienza un año después de la lucha contra los centinelas vistos en Matrix Revolutions. Durante las celebraciones del aniversario de aquella "victoria", Bratt, un joven de 14 años, muere repentinamente sin ninguna causa aparente. Su familia lo entierra en un rincón de Sión, e, inexplicablemente despierta horas después rodeado de miles de cadáveres en una fosa común situada en algún lugar desconocido. A pesar de haber nacido libre, ahora el cuerpo de Bratt está cubierto de puertos de conexión.
Matrix Revealed retoma todas las dudas sembradas en Matrix Reloaded (y obviadas en Matrix Revolutions) acerca de si el mundo real lo es realmente. La película nos muestra a través de los ojos del joven Bratt que, como se temía, el mundo de Sión es tan sólo otro nivel virtual de Matrix. No existen hombres "libres", apenas un puñado de personas que, al igual que Bratt, fueron desconectados por error cuando el sistema les dio por muertos. Esos pobres desgraciados viven en un mundo aún más terrible que el que Bratt conocía, sin haber oído hablar jamás de Neo, Trinity o Morfeo. Pero sí han descubierto los planes de las máquinas: éstas han comprendido por fin que la energía producida por los humanos no es rentable, que mantener vivos tantos cuerpos, cosecharlos y gestionar Matrix para controlarles, resulta demasiado costoso; por no hablar de lo inestables que son sus mentes. De modo que piensan sustituir esta fuente de energía por otra: la energía solar (recordemos que El Arquitecto dijo que estaban dispuestos a aceptar ciertos niveles de subsistencia). Por este motivo están instalando por todo el planeta enormes procesadores atmosféricos para limpiar los cielos y permitir que el sol vuelva a brillar. Para dar tiempo a esta limpieza y apaciguar mientras tanto a los humanos conectados, las máquinas introdujeron en el sistema diversos elementos virtuales para distraerles; elementos como el agente Smith, la supuesta lucha rebelde, Sión, la guerra contra los centinelas... Todo falso.
Bratt trata de hacer algo para frustrar los planes de las máquinas, pero comprende que no tiene posibilidades de triunfo en el mundo real. Convencido de que sólo podrá lograr algo desde el interior del sistema, consigue conectarse de nuevo a Matrix y regresa a Sión. Allí contacta con dos de sus héroes, Morfeo y Niobe, para explicarles lo que realmente sucede. Los tres buscan entonces a Neo, que tras Revolutions ha vuelto a ser conectado a Matrix hasta que vuelva a necesitársele (por eso El Elegido siempre ha tenido el mismo aspecto: siempre es Neo). Cuando por fin le localizan, logran liberarle (tras las lógicas escenas de acción), y le ponen al corriente del plan. Neo asesina a Morfeo, Niobe y Bratt, descubriéndose así otra de las sorpresas de la historia: Neo no es humano; es tan sólo otro programa creado por Matrix para ganar tiempo, diseñado para liderar a los humanos en la dirección más adecuada para las máquinas. Opio para el pueblo.
Las máquinas activan entonces los procesadores atmosféricos, y los cielos se despejan; los rayos del sol bañan las células solares y las baterías se cargan. En ese momento los humanos que están conectados por todo el planeta son desenchufados a la vez. En un instante desaparece una raza compuesta por millones de seres. Un irónico plano final nos muestra un hermoso cielo azul, como una burla del supuesto final feliz de Matrix Revolutions. Este sol (ahora real) es únicamente para las máquinas. ¿Sólo para las máquinas? En realidad no, ya que tras los títulos de crédito el filme aún tiene tiempo para otra sorpresa. Por si a alguien se le había ocurrido pensar que todo el tinglado de Matrix era demasiado retorcido para haber sido diseñado por una máquina, aquí está la respuesta: en realidad el mundo está regido por un puñado de hombres que lo controlan todo. En el plano final vemos que el hombre que ordena desconectar a los humanos, el hombre que asesina fríamente a millones de congéneres, es idéntico a Neo.
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