Harden disputó 22 minutos por partido en su primera temporada en la NBA, promediando 9,9 puntos por partido. Fue incluido en el segundo mejor quinteto de novatos, en una temporada en la que los Thunder llegaron por primera vez en su historia a los playoffs, siendo eliminados en primera ronda por
Los Angeles Lakers.
Para su segundo año (temporada 2010-11), Harden ya promediaba 31 minutos y 16,8 puntos por partido, ejerciendo como sexto hombre del equipo. En abril de 2012 conseguía su récord de anotación con 40 puntos ante
Phoenix Suns. Pocos días después,
Harden sufría una conmoción cerebral debido a un codazo propinado por
Metta World Peace, jugador de los Lakers. El jugador angelino sería suspendido y Harden no regresaría hasta el primer partido de playoffs contra
Dallas Mavericks. En dicha temporada 2011-12,
los Thunder llegaron a las Finales de la NBA, donde serían derrotados por los
Miami Heat de
LeBron James,
Dwyane Wade y
Chris Bosh por 4-1.
Pese a disputar una floja final, Harden fue galardonado como el mejor sexto hombre de la NBA, merced a sus grandes porcentajes de lanzamiento y sus 16,8 puntos por partido. Al final de la temporada,
Harden rechazó una oferta de renovación del equipo de 55 millones de dólares por 4 años, según los rumores, demandando un papel más importante que el de sexto hombre.